元朝时的深圳，海防、盐业仍是朝廷关注的重点。

唐朝在深圳及香港地区设置屯门军镇，宋朝则将其扩充为两个海上巡逻队（溽洲望舶巡检司、“捕盗廨”望舶巡检司）、两个军营（屯门寨、固戍角寨），以此加强海防，保护商船。到了元朝，这些机构有增有减。一是在屯门寨的基础上设立了屯门巡检司，官署即机关办公地方依旧在今南头古城一带。同时，在固戍角寨的基础上设立固戍角巡检司，官署设在今宝安区西乡固戍一带；二是到了大德年间（1297-1307年），官富盐场（今香港九龙半岛）产盐越来越少，被合并到黄田盐场（今深圳宝安航城街道黄田一带）。原来的官富盐场改为官富巡检司，官署设在今南头古城东南方一带；三是撤销了宋朝时设立的溽洲望舶巡检司、“捕盗廨”望舶巡检司。自此，国外商船要进入珠江口前，需先后经过三个巡检司：官富巡检司、屯门巡检司和固戍角巡检司。

唐宋的军镇、寨，军事特色浓郁，到了元朝的巡检司，则多了一些社会管理功能，行政级别也低了一些。每个巡检司设最高长官——巡检1名、士兵150名。巡检司的职能除了保护商船贸易，还负责辖区的社会治安。行政级别上，巡检司为县直属部门，巡检的官位仅为九品。

深圳的盐业生产，依旧为朝廷提供可观的税收。南宋还没灭亡的时候，元军一占领岭南，就迫不及待地成立了一个专门收取盐税的机构——广东盐课提举司。但因战争不停，社会动荡，元军并没有征收到多少赋税。直到南宋灭亡，元朝朝廷将广东盐课提举司划归给江西盐铁茶都转运司管辖。从此，盐产量、盐税逐年递增，延佑年间（1314-1320年）达到了高峰。其中延佑五年（1318年），整个广东征税的盐产量达到50552引（每引相当于四百至七百斤）。与宋朝一样，盐民为国家贡献了大量的税收，但他们的生活却苦不堪言，于是盐民起义也是持续不断。至元二十年（1283年），东莞县盐户首领陈良臣率先揭竿而起，东莞盐场、归德盐场、黄田盐场和静康盐场的盐民纷纷响应，人数过万。朝廷急忙从江西、广东二省调来兵力，才平息了起义。后来，朝廷修改了一些法律条文，使得盐民背负的苛捐杂税有所减轻，社会矛盾有所缓和。

和盐民一样备受剥削的还有采珠民户。早在五代十国时期，岭南所在的南汉国四任皇帝生活奢靡，酷爱珍珠，直接导致大步海海域（今深圳大鹏湾、惠州大亚湾和香港新界大浦东吐露港一带）的珍珠被一采而空，珍珠资源遭到毁灭性打击。采珠需深入海底，安全事故频出，生命安全毫无保障。南汉灭亡后，宋太祖赵匡胤明令禁止采珠。赵匡胤弟弟赵炅，继位当上皇帝后，下令恢复了岭南诸州县的珍珠采集。被抓去采珠的民户苦不堪言。一直到绍兴二十五年（1155年），南宋开国皇帝赵构为了缓和社会矛盾，再次废除采珠业。谁知到了元朝，采珠再次被一些官员提及。屯门寨巡检刘进程、张理向朝廷建言：“本县地名后海（今深圳南头、蛇口东面及香港元朗西部的海湾）、龙岐（今深圳大鹏湾）及青赢角、荔枝庄（皆为今香港西贡半岛的北岸）共十三处，亦有珠母螺出产。”大德元年（1297年），朝廷组织了700余户民众下海采珠。结果是只采到了几颗小珍珠，人却溺亡了不少。采珠民户不得不就地解散。延佑四年（1317年），来自广州路、更高级的官员为了谄媚上级，又提出采珠计划，还专门设置了一个名为“广州采金银珠子都提举司”的机构，监督此事。泰定元年（1324年），一个名叫张惟寅的东莞县人写下《上宣慰司采珠不便状》一信，投给负责军民事务的宣慰司，力陈采珠得不偿失、祸国殃民。信最终送到了皇帝手里。当时正值天灾频发，为兴利除弊，皇帝最终下令停止采珠，采珠民户改为渔民或盐户，并减免劳役赋税一年。（作者系作家、编剧、导演）